Cuando realizamos un backup de tablas federadas con mysql administrator sin ninguna configuración adicional, el programa guarda los datos de estas tablas, lo cual a la hora de hacer un restore de estos datos es un problema pues las tablas con motor federate no admiten la inserción de registros (o bueno es lo ideal, por poder si se puede).

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http://scriptinside.blogspot.com/2010/03/backups-de-tablas-federadas.html