Primero deberemos crear nuestro script que lo realizaremos en Bash, de daremos permisos para que se pueda ejecutar y posteriormente le crearemos un cron en crontab para que se ejecute cada x tiempo. Es necesario el probar que se ejecuta el script y de que al menos en una ocasion realiza la copia correctamente para asegurar su buen funcionamiento.
Crear el script:

Mas:

http://www.keopx.net/base-de-datos/howto-crear-backups-de-mysql-automaticas-con-cron/