En primer lugar es necesario disponer de la herramienta msizap.exe (ver artículo de Microsoft referenciado anteriormente y una descripción detallada en http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa370523.aspx).

Recomendamos hacer copia de todo lo que eliminemos, duplicando las carpetas a eliminar en otro lugar del disco y exportando las claves de registro. En caso de cualquier problema bastaría con restaurar los elementos eliminados hasta el momento.

Mas:

http://elviscortijo.wordpress.com/2009/02/05/como-quitar-manualmente-una-instancia-de-microsoft-sql-server-2000-desktop-engine-msde-2000/